La puesta en servicio de la C-1 trae consigo una reorganización del núcleo de Cercanías, con un nuevo esquema de explotación. El nuevo mapa incluirá otra novedad: la línea C-3, que actualmente discurre entre Aranjuez y Chamartín, se prolongará hasta El Escorial. Será la segunda línea transversal de la Red, que unirá el sureste con el noroeste de la Comunidad de Madrid.
Gracias a este cambio, se verán beneficiados los 47.000 viajeros diarios de poblaciones del noroeste que utilizan Cercanías, que pasarán a estar conectados directamente con la estación de Sol, sin transbordos, gracias a la prolongación de la C-3.